Nach sieben Jahren Bauzeit wurde die heutige Schlosskirche als Teil der Anlage des Klosters Hofen im Jahr 1702 eingeweiht. Die Schutzpatrone sind der Heilige Andreas und der Heilige Pantaleon. Zunächst katholisch wurde die Kirche im Sommer 1812 von König Friedrich der neu gebildeten evangelischen Kirchengemeinde zugewiesen. Sein Ziel war es, für die 1811 neu gegründete Stadt Friedrichshafen Ansiedler aus evangelischen Landesteilen anzuwerben. Schwer beschädigt wurde die barocke Kirche bei einem Luftangriff im Jahr 1944.
Wie Hartmut Semmler und Jürgen Oellers in ihrem Buch „Friedrichshafen – Stadtgeschichtliche Rundgänge“ berichten, wurden der Dachstuhl der Kirche, Helm und Innenausbau des Südturms, die Orgel und die meisten Kirchenbänke zerstört.
Das NS-Regime verbot Instandsetzungsarbeiten sowie die Errichtung eines Notdachs. Die kunstvolle Stuckdecke und die Gemälde waren der Witterung ausgesetzt und durften nicht geschützt werden. Erst 1949 begann die Wiederherstellung des Innenraums und die Stuckarbeiten wurden in vereinfachter Form rekonstruiert. 1951 fand die Wiedereröffnung statt und 1959 war die Außenerneuerung beendet.
