Ab der zweiten Hälfte des 9. Jahrhunderts lebten die Mönche nach den Regeln des Heiligen Benedikt. 1455 wurde das reichsfreie Kloster unter den Schutz der Eidgenossenschaft gestellt. Die heutige Klosterkirche wurde 1710 eingeweiht. Der Baumeister Franz Beer aus Bezau hat die Kirche und den Nordturm von 1705 bis 1710 mit seinem Vorarbeiter Peter Thumb erstellt. Der Südturm stammt aus dem Jahr 1578 und diente als Haupteingang zum romanischen Münster aus dem Jahr 1114. Rheinau kam 1803 zum Kanton Zürich, der einige Jahre später ein Novizen-Verbot erließ. 1862 folgte die endgültige Schließung des Klosters. Einige Gebäude wurden zu einer Psychiatrischen Klinik umgebaut. Die Klosterkirche wurde den Rheinauer Katholiken zur Benutzung als Pfarrkiche übergeben.

