Die Gemeinde Mönchweiler wird sich an der Umsetzungsphase des Naturschutzgroßprojektes Baar beteiligen. Außerdem wird die Gemeinde ihre gemeindeeigenen Grundstücke für die Umsetzung bereit stellen. Darüber hinaus wird die Zustimmung weiterer Eigentümer und bei landwirtschaftlichen Flächen die Zustimmung auch der Bewirtschafter für die Umsetzung erforderlich sein.

Das Naturschutzgroßprojekt Baar wurde im August 2013 unter Minister Alexander Bonde gestartet. Es umfasst insgesamt 4925 Hektar mit 18 geplanten Fördergebieten im Schwarzwald-Baar-Kreis, von denen sich drei mit dem Landkreis Tuttlingen überlappen. Auf das Gebiet der Gemeinde Mönchweiler entfallen rund 136 Hektar des Fördergebietes Mönchsee-Rohrmoos.

Für dieses Gebiet werden mehrere Ziele verfolgt. So sollen zum Beispiel auf den ausgedehnten offenen Grünflächen die Belange des Braunkehlchens gewürdigt werden. In den moorigen Bereichen gibt es seltene Moorarten, die erhalten werden sollen. Außerdem stellt der Gewässerlauf des so genannten Fischbächles und weiterer Gewässer mit seinen Uferbereichen eine verbindende Achse der Gewässer Donau und Neckar da.

Im ersten Teil der Projektphase, in der Planungsphase, hat sich die Gemeinde Mönchweiler entsprechend ihres Flächenanteils an den Fördergebieten des Gesamtprojekts finanziell beteiligt. Die Gesamtkosten des Projekts belaufen sich auf rund 5,5 Millionen Euro, davon übernehmen 75 Prozent der Bund und 15 Prozent das Land. Die restlichen zehn Prozent übernimmt der Schwarzwald-Baar-Kreis als Projektträger mit den zehn beteiligten Gemeinden. Von dem zehnprozentigen Anteil des Schwarzwald-Baar-Kreis entfiel in den Jahren 2013 bis 2015 ein Eigenanteil von rund 1100 Euro auf die Gemeinde Mönchweiler. Im laufenden Jahr werden für Mönchweiler Kosten in Höhe von rund 400 Euro erwartet.