Mit dem Anstieg der Bevölkerungszahl ab dem Beginn des 19. Jahrhunderts wuchs die Zahl von Fällen von Krankheiten, dazu kamen neue Massenepidemien wie die Cholera und die Tuberkulose und damit entstand der Wunsch nach allgemeinen Krankenhäusern. Dies sollte eine Weiterentwicklung der zumeist konfessionellen Armenhäuser sein, in denen die Kranken nur wenig versorgt wurden. Die Veränderungen zum Krankenhausbau sollte anfangs vor allem das Auftreten von Hospitalinfektionen verhüten, später wurden die Bedürfnisse der medizinischen Spezialfächer und technischer Anlagen berücksichtigt. Von diesen Erkenntnissen angetrieben dürfte auch der Bau von Krankenhäusern mit Krankenpflege in Pfullendorf und auch in Sigmaringen geleitet worden sein.

Am 11. Dezember 1846 nahm in Pfullendorf das vom Spitalfonds neu gebaute Spitalgebäude seinen Dienst auf und an jenem Tag wurde das Armenhaus St. Katharina aufgegeben. Das Personal und die Pfleglinge zogen mit dem Großherzoglichen Physikus Kienzler in das beim Obertor gebaute Spital um. Von einem modernen, von Ärzten geführten Krankenhaus kann aber erst mit der Ernennung des ersten Chefarztes Ambros mehr als vier Jahrzehnte später im Jahr 1890 gesprochen werden. Es blieb ein Spital im alten Sinne, nämlich eine karitative Einrichtung zur Unterbringung und Versorgung von Armen und Alten der Stadt. Im Lauf der Zeit wurde das Krankenhaus modernisiert, mit ersten medizinischen Geräten, so mit dem 1909 gekauften ersten Röntgengerät. Das Sigmaringer Krankenhaus wurde 1847 als Fürst-Carl-Landesspital und Bad Saulgau erhielt erst 1914 ein eigenes Krankenhaus.

Der Bau des über den Grundmauern des Fruchtkastens erbauten Pfullendorfer Spitals, war für damalige Verhältnisse viel zu groß ausgefallen für die kleine Stadt, wobei der Spitalbau von Männern durchgesetzt wurde, die das reiche Spital beherrschten. Nicht eingeweiht waren das eigentlich zuständige Kreisphysikat in Konstanz, übergangen wurde der Spitalverwalter Vollmar und mit ihm die ganze Stadtbevölkerung, so dass der Spitalverwaltung wehte ein Sturm der Entrüstung entgegen wehte, was sie nicht beeindruckte.

Das Vorhaben wurde durchgesetzt. Die Eröffnung des Spitals am 11. Dezember 1846 war dann dem Spitalverwalter Vollmar kein feierliches Wort wert, er nahm sich nicht einmal die Zeit anwesend zu sein. Im Oktober 1859 überstellten die Freiburger Vinzentinerinnen die ersten Krankenschwestern nach Pfullendorf.

Nach einer dreijährigen Bauphase erhielt Pfullendorf dann im Jahr 1963 am Obertor sein zweites Krankenhaus, wobei das bisherige Krankenhaus zum Altenheim umgewandelt wurde. Im Frühjahr 2001 wurde dann das Krankenhaus saniert und neu eingeweiht, als Teil der SRH Kliniken Landkreis Sigmaringen. Ein Verbund mit den Krankenhäusern in der Kreisstadt und in Bad Saulgau. Alle drei Kliniken sind Akutkrankenhäuser der Grundversorgung.