Die Tage um die Mitte des Monats März 1939 herum sind für das Kolleg der Jesuiten eine bittere und dunkle Zeit. Die Vermutungen und Informationen über inoffizielle Kanäle sollten harte Wirklichkeit werden: Das nationalsozialistische Regime zieht die Ende Februar 1934 gegebene Genehmigung für die Einrichtung eines Schulinternats durch die Gesellschaft Jesu in der einstigen Benediktinerabtei St. Blasien zurück. Auf eine ausführliche Begründung wird selbstverständlich verzichtet.

Für die Verhinderung der Jesuitenschule von Anfang an (im August 1933 Unterzeichnung Kaufvertrag, Mitte April 1934 Schuljahresbeginn) waren die Nationalsozialisten am Beginn ihrer Herrschaft schlichtweg zu schwach und nicht gefestigt genug. Die Ironie der Ereignisse wollte es zudem, dass die örtliche Petition zur Übersiedlung des jesuitischen Bildungsangebots von Feldkirch/Österreich nach St. Blasien auch hiesige NS-Parteimitglieder unterschrieben hatten. Und das Argument der Arbeitsplätze, mit dem die Nazis unter anderem ihren Wahlkampf bestritten hatten, ließ sich auch nicht vom Tisch wischen.

Schulbesuch bei Jesuiten untersagt

Natürlich war das Gymnasium der Jesuiten – ausgerechnet Jesuiten, die zu den Haupt-Feindbildern der Nazis zählten – vom ersten Tag an ein Stachel im braunen Fleisch. Auffällig oft werden im Städtchen die berüchtigten Männer mit den dunkelgrauen Ledermänteln gesichtet, die Auskünfte einholen und unverhohlen davon sprechen, dass bald aufgeräumt werde. Die staatliche Anerkennung bleibt – wie könnte es anders sein – der Schule bis zum Verbot versagt, das Abitur muss schulfremd in Freiburg abgelegt werden. Die bleigrauen NS-Wolken, die vom ersten Tag an über dem Haus schwebten, werden 1938 pechschwarz: Dem öffentlichen Dienst und den Beamten wird es untersagt, ihre Söhne (Mädchen waren damals noch nicht am Kolleg) zum Schulbesuch zu den Jesuiten zu schicken. Es wird nun überdeutlich, was die Stunde geschlagen hat.

Am 9. März 1939 beschließt das gleichgeschaltete Staatsministerium in Karlsruhe nach Maßgabe aus Berlin, „der Oberdeutschen Provinz der Gesellschaft Jesu, Sitz München“ die „Genehmigung zur Errichtung und zum Betrieb einer nichtstaatlichen Lehranstalt mit Internat in St. Blasien“ zu entziehen. Mit Datum vom 15. März 1939 teilt das badische Kultusministerium diesen Beschluss dem Kolleg mit. Die kurz und bündige Begründung: „Die Voraussetzungen, unter denen die Genehmigung erteilt wurde, sind heute nicht mehr als gegeben anzusehen.“ Bereits einen Tag später, also am 16. März, teilt der seinerzeitige Rektor Gustav Fernekeß den Eltern die absehbare und doch dramatische Entwicklung mit: „Damit ist uns die endgültige Gewissheit gegeben, dass unserem Wirken hier ein Ende gesetzt ist. So geben wir Ihnen mit einem Herzen voll Wehmut Ihre Kinder zurück. Wir danken Ihnen herzlich für die große Treue, mit der Sie immer, besonders aber in den letzten Monaten, zu uns standen.“ Mit nachdrücklichem Einsatz des damaligen, für die weitere Kollegsgeschichte so berühmten Schulleiters Pater Otto Faller (Onkel des langjährigen Sägereibetreibers Klaus Faller und somit Großonkel des heutigen Unternehmers Christian Faller) wird erreicht, dass Schüler mit einem Versetzungszeugnis ohne Aufnahmeprüfung an jede öffentliche Schule in Baden übertreten können. Die Hoffnung wird ausgesprochen, dass andere Länder diesem Beispiel folgen. Am 19. März 1939 heißt es zum Teil tränenreich Abschied nehmen in eine Zukunft hinein, von der die allermeisten bereits ahnen, wie sie aussehen wird. Einige Patres und Brüder der Jesuitengemeinschaft finden im Klosterflügel Franzosenbau (links vom Dom) Wohnung. Ein knappes Jahr später wird ein Teil der Gebäude Lazarett bis zum Untergang des „tausendjährigen Reiches“.